1-  اختلاف سطح علمي تفسير كنندگان:

بديهي است كه فهم معارف روايي همانند فهم معارف قرآني مبتني بر تحصيل علوم و مقدماتي همچون ادبيات عرب، حديث شناسي، اصول فقه ، منطق و ... مي باشد و ميزان تبحر و تسلط مفسران بر اين مسائل  و مقدمات، نقش بسزايي در تفسير و فهم معارف قرآن و روايات دارد و لذا مي بينيم كه در بحث تقليد اين مسئله مطرح شده است كه مكلفاني كه خود به درجه اجتهاد و استنباط احكام شرعي نرسيده اند بايد از مرجع تقليد «أعلم» تقليد نماييد و آوردن قيد اعلم (داناتر) بدين سبب است كه فقيه اعلم، در تفسير متون ديني از آگاهي و تبحر بيشتري بهره مند است.

اختلاف در مسلك و عقايد:

2-  اختلاف در مسلك و عقايد نيز يكي از عوامل مهم اختلاف است كه موجب شده هر يك از مفسران سعي در تطبيق آيات و معارف قرآن و أحاديث معصومين (عليهم السلام) بر عقايد خود داشته باشند وبرخي  بجاي اينكه بدنبال فهم معارف قرآن و روايات باشند به دنبال تطبيق قرآن و أحاديث بر اعتقادات خود بر آمده اند چنانكه علامه طباطبايي درباره اين منشأ مباحث جالبي را در ابتداي تفسير الميزان مطرح نموده اند كه براي مطالعه تفصيلي مي توانيد به مقدمه جلد اول اين تفسير شريف مراجعه نمائيد.

3. قابليت صدق روايات بر وجوه و معاني متعدد:

برخي از اختلافات هم از اين جا ناشي شده كه خود روايت به نحوي نقل شده كه قابليت صدق بر وجوه و معاني متعدد را دارد و گرچه در زمان صدور حديث از معصوم (عليه السلام) مخاطبان حضرت، با توجه به وجود قرائني ، معنا و مراد آن را مي دانستند، اما بدليل نرسيدن اين قرينه ها  و عدم نقل آن ها در روايات، معنا و مراد آن براي مفسران عصرهاي بعدي مبهم باقي مانده و لذا وجوه متعددي كه قابل برداشت از الفاظ روايت مي باشد توسط علما و مفسران بيان شده است.