باتوجه به اختلاف علی(ع) با خلیفه اول بر سر خلافت، چرا محمدبن ابی بکر فرزند خلیفه اول، اینقدر با علی (ع) انس داشت و سرانجامش چه شد؟
اجمالا؛ اینکه حضرت علی(ع) بعد از فوت ابوبکر، همسر او یعنی اسماء بنت عمیس را تزویج کرد و محمد بن ابی بکر از نزدیکترین، باوفاترین، صمیم ترین و فداکارترین یاران امیرالمومنین علی (ع) بود که به فجیع ترین وجه کشته شد و حتی به جنازه او هم رحم نکردند. او جانانه از حکومت علی (ع) حمایت می کرد.
آنچه از منابع تاریخی مسلم است این است که در جنگ جمل و صفین حضور داشت. نشانه آن هم اینکه وقتی شتر عایشه در جنگ جمل سقوط کرد در حالیکه کجاوه را به شتر بسته بودند، امیرالمومنین علی (ع) به محمد بن ابی بکر که با عایشه محرم و برادر پدری بودند، فرمود که برو به سراغ خواهرت.
محمدبن ابی بکر بود که آمد طناب کجاوه عایشه را برید و کجاوه را از شتر جدا کرد و خواهرش را بیرون آورد و نجات داد.
همچنین در جنگ صفین حضور داشت، در کتاب «وقعه الصفین»، که کتاب مفصلی در مورد جنگ صفین است، نصربن مزاحم منقری نوشته است، رد پای محمد بن ابی بکر در خیلی از صحنه های جنگ صفین میتوان یافت.
در مورد حکمرانی ایشان در مصر، در تاریخ نوشته اند که ایشان در اول رمضان سال 36 ، یعنی حدود یک سال بعد از آغاز خلافت حضرت علی (ع) به حکومت مصر منصوب شد. جریانات و مناقشاتی پیش آمد، و سرانجام در سال 38 ، حدود دو سال بعد، به شهادت رسید و کشته شدنش به دست سپاه عمر بن عاص بود.
این در اثر طمع معاویه به مصر اتفاق افتاد و عمر بن عاص را با سپاهی به مصر فرستاد و نهایتا آنچه ابن ابی الحدید در شرح نهج البلاغه در نامه امیرالمومنین (ع) به محمد بن ابی بکر، این قضایا را شرح داده است.
محمد بن ابی بکر شکست خورد و به یک خرابه ای پناه برد، و در آنجا او را پیدا کرده و کشتند و ناجوانمردی را به آنجا رساندند که جنازه اش را در شکم یک الاغ گذاشته و الاغ را سوزاندند.
حضور ایشان در جنگ صفین مسلم است، و به نظر می رسد که بعد از حکمیت به مصر رفته است و حکمرانی اش در مصر هم مسلم است.
